La asamblea general la eligió el viernes, junto con un nuevo consejo administrativo, para un mandato de cuatro años.
La francesa de 48 años ha sido miembro del consejo desde julio de 2013, y también fue la primera mujer en ocupar ese cargo.
Boy de la Tour dijo que su primera tarea es devolver "la confianza y la cohesión" a las ligas francesas, divididas por luchas de poder entre los presidentes de clubes de la primera y segunda divisiones.
"Trabajaremos juntos para lograrlo", indicó.