Aubameyang, quien dijo "la carrera se inicia" al delantero del Bayern Munich, Robert Lewandowski, después de su triplete del viernes, anotó a los 17 minutos cuando Andre Schuerrle envió un centro elevado que el delantero de Gabón cabeceó a primer poste.
El tanto impulsó al Mainz a responder y los visitantes estuvieron cerca de igualar, primero con tiro que se fue arriba y luego obligando a una atajada de Roman Buerki.
Christian Clemens se perdió una buena oportunidad para empatar tras el descanso, pero Aubameyang selló la victoria local con un penalti a los 89, luego que Karim Onisiwo jaló a Schuerrle.
Yoshinori Muto descontó para el Mainz en tiempo de compensación.
"El resultado es importante, en especial porque no estuvimos en nuestra mejor forma", afirmó el técnico del Dortmund, Thomas Tuchel,.
Se espera mucho del Schalke esta temporada, pero el equipo tuvo un pobre inicio en Fráncfort.
El gol de Alexander Meier a los 13 minutos fue suficiente para el conjunto de casa, que ya había golpeado el poste. Schalke no tuvo un intentó a la portería hasta antes del descanso.
"Cuando empiezas así, no debe sorprenderte dejar la cancha como el perdedor", opinó el director deportivo del Schalke, Christian Heidel.
Meier debió hacer el 2-0, pero Ralf Faehrmann salvó su tiro de penalti débil en la segunda mitad.
El portero del Fráncfort, Lukas Hradecky, tuvo una atajada extraordinaria para negarle el empate a Klaas Jan Huntelaar en un tiro libre, luego que el defensa Michael Hector fuera expulsado por derribar al holandés.
Por otra parte, Lars Stindl marcó un gol tardío para que el Borussia Moenchengladbach derrotara 2-1 al Bayer Leverkusen, en un juego donde el portero Bernd Leno frustró al equipo de casa por largos periodos, aunque el Leverkusen sacudió el poste y el larguero.
El delantero del Moenchengladbach, Andre Hahn, abrió el marcador antes del descanso, pero el suplente Joel Pohjanpalo empató al 79 para el Leverkusen, que no contó con el mexicano Javier Hernández, de baja por una fractura en la mano.
Stindl aseguró los tres puntos cuando quedaban cinco minutos, al empujar un buen pase de Thorgan Hazard.
Hamburgo sólo pudo igualar 1-1 en casa con el Ingolstadt, pese a que el delantero estadounidense Bobby Wood marcó su primer gol en la Bundesliga. Lukas Hinterseer emparejó para el Ingolstadt a los 79.
Wolfsburgo se impuso 2-0 en Augsburgo, y Colonia venció al Darmstadt 2-0 en un encuentro interrumpido por una tormenta en la segunda parte.
El viernes, Bayern Munich inició la defensa de su título con una goleada de 6-0 sobre Werder Bremen.
FUENTE: Associated Press