Alonso, de 42 años, llegó a los Tuzos para el torneo Clausura 2015 con un convenio por dos años que estaba a punto de expirar.
En ese lapso, Alonso le dio a Pachuca el título del Clausura 2016 y este año se coronó campeón de la Liga de Campeones de la CONCACAF y disputará el próximo Mundial de Clubes.
Pachuca no dio a conocer detalles económicos del acuerdo.
Alonso, quien tuvo una carrera de 14 años como jugador, ha dirigido a cinco equipos en su carrera, entre ellos el Peñarol de su país y el Olimpia paraguayo.