Ibrahimović abrió el marcador 10 minutos antes del descanso con un potente cabezazo tras un pase de Theo Hernández.
El veterano delantero sueco aumentó su cuenta al convertir un penal a los 55 minutos, luego de que Ismael Bennacer fue derribado en el borde del área por el defensa de Bolonia Riccardo Orsolini.
Ibrahimović, quien cumple 39 años en menos de dos semanas, también tuvo oportunidades para un triplete.
Bolonia estrelló un balón en el travesaño al final del encuentro, con un disparo del paraguayo Federico Santander. Y su defensa Mitchell Dijks fue expulsado luego de acumular dos tarjetas amarillas.
El Milan fue uno de los equipos que mejor nivel exhibió cuando la Serie A retomó las actividades durante la pandemia de coronavirus. En su notable repunte, los Rossoneri ganaron nueve de sus 12 partidos y empató los otros tres.