Los operarios reparaban el túnel un día después de que el ejército egipcio detonó explosivos en su interior, explicó el Ministerio del Interior.
Los cuerpos fueron recuperados el sábado y enviados a un hospital en la localidad de Rafah.
Egipto reanudó recientemente su ofensiva contra los pocos túneles que quedan con Gaza tras un incremento en el contrabando.
Antes este mes, el grupo insurgente Hamas, que gobierna Gaza, dijo que la reanudación de las tácticas egipcias a lo largo de la frontera, incluyendo inundar o detonar explosivos en los túneles, estaban "injustificadas".