Los Pelicans había marcado siete puntos seguidos, coronando el ataque con un triple de DeMarcus Cousins, para acercarse a dos unidades con dos minutos por jugar.
Pero Harden anotó los primeros puntos de Houston tras casi dos minutos y medio al completar una penetración para ampliar la diferencia.
Tras un enceste de Cousins en el otro extremo, Harden coló tres tiros libres para dejar a los Rockets arriba por 110-105 con 90 segundos en el reloj.
Anthony Davis se destacó por Nueva Orleáns con 33 puntos y 16 rebotes, mientras que Cousins sumó 29 puntos. Los Pelicans vieron rota una racha de tres victorias.