Mustafa Shehata describió el malentendido como un "enorme error" en declaraciones publicadas en la prensa de El Cairo.
La entrevista errónea estuvo en emisión durante casi 10 minutos el martes antes de que se cortarse la transmisión.
El director de la televisora estatal se disculpó por el error.
La pieza emitida por error fue concedida el año pasado por el presidente del país, Abdul Fatah el Sisi a la televisora estadounidense PBS. La otra debía emitirla la misma cadena en Nueva York esta semana.
El Sisi está en Nueva York asistiendo a la Asamblea General de Naciones Unidas.